Logo Boni geschaaldTot de rijkdom van de Bonifaciuskerk behoren ook een groot aantal verschillende kerkschatten.
In 1911-1913 schilderde Frans Loods op fraaie wijze de 14 kruiswegstaties, waarbij de sponsors ook toén al in beeld werden gebracht.
De preekstoel en de oude altaren zijn een ontwerp van Margry: hij gebruikte Caensteen en zwart marmer uit de Belgische groeven. De kopergravures zijn van Wim Harzing.
Het grote kerkorgel, oorspronkelijk pneumatisch met 1252 pijpen, werd in 1900 gebouwd door Willem Hilboesen.
In de 50 m1 hoge kerktoren bevindt zich een wonderlijk klokmechanisme uit 1892.
Na de roof van de bronzen kerkklokken door de Duitsers in de tweede wereldoorlog luiden sinds 1948 weer drie nieuwe klokken over de stad.

Tot de kerkschatten behoren ook de antieke vaandels uit het begin van de 20e eeuw. Een groot deel van deze vaandels waren in het bezit van de toenmalige vakverenigingen en werden ondermeer gebruikt bij processies. Tijdens de maand november, met Allerheilligen, zijn deze vaandels in de kerk te bewonderen.
Daarnaast bevinden zich in de Bonifaciuskerk een groot aantal antieke kazuifels en koorkappen én de waardevolle, gouden en zilveren monstransen, kelken en ander kerkgerei.

Tot aan 1963 waren er in de Bonifaciuskerk veel meer beelden dan nu. Op de steunpilaren van de buitenmuren zijn nog de ijzeren haken te zien waaraan de consoles met de heiligenbeelden bevestigd waren.
Er zijn nu nog zes beelden over: links bij de stiltekapel een klein beeldje van Sint Bonifacius (meegenomen uit Dokkum) en daarnaast het beeld van de Moeder van Smarten, ook wel de Piëta genoemd. Rechts van het Maria-altaar staat het Heilig Hart beeld en links van het Josef-altaar vinden we het beeld van Leonardus van Veghel, een van de martelaren van Gorkum. Rechts van de hoofdingang staat het beeld van Antonius van Padua en in de stiltekapel hangt het icoon van Maria van Altijd Durende Bijstand.